水生植物的养护主要是水分管理，沉水、浮水、浮叶植物从起苗到种植过程都不能长时间离开水，必须掌握一些原则，使其生长良好。
1、日照：大多数水生植物都需要充足的日照，尤其是生长期（即每年四至十月之间），如阳光照射不足，会发生徒长、叶小而薄、不开花等现象；
2、用途：除了漂浮植物不需底土外，其他种类植物都需用田土、池塘烂泥等有机黏质土作为底土，在表层铺盖直径一至二公分的粗砂，可防止灌水或震动造成水混浊现象。
3、施肥：追肥则以化学肥料代替有机肥，以避免污染水质，用量较一般植物稀薄十倍；
4、水位：水生植物依生长习性不同，对水深的要求也不同。漂浮植物最简单，仅须足够的水深使其漂浮；沉水植物则需水高必须超过植株，使茎叶自然伸展。水边植物则保持土壤湿润、稍呈积水状态。挺水植物因茎叶会挺出水面，须保持50-100厘米左右的水深。浮水植物较麻烦，水位高低须依茎梗长短调整，使叶浮于水面呈自然状态为佳。
5、疏除：若同一水池中混合栽植各类水生植物，必须定时疏除繁殖快速的种类，以免覆满水面，影响睡莲或其他沉水植物的生长，浮水植物过大时，叶面互相遮盖时，也必须进行分株。
6、换水：为避免蚊虫滋生或水质恶化，当用水发生混浊时，即必须换水，夏季则须增加换水次数。
冬季管理水生植物，对于因不耐寒而干枯的水生植物，应在其冬季枯黄后将其泥上部分清楚。对于多年生耐寒水生植物应在每年2月底新芽长出前将泥上部分剪除。盆栽水生植物可在冬季连盆拿出水面，并在开春前补施一次基肥，待其新叶长出后再移入水中。